1941 m. sukilėlių prieš Sovietų okupaciją sudarytos laikinosios Vyriausybėje nariais buvo šie VL: K. Škirpa (Ministras Pirmininkas ir Prezidentas), M. Mackevičius (Teisingumo ministras), J. Pajaujis (Socialinių reikalų ministras), A. Novickis (Susisiekimo ministras). 1941 m. sukilimui VL atstovas Kazys Škirpa vadovavo iš Berlyno.

 

1942 kovo mėn. buvo sušauktas slaptas VL aktyvistų susirinkimas, išrinktas naujas Centro komitetas, kurio pirmininku tapo Jurgis Krikščiūnas. Valstiečiai liaudininkai pradėjo leisti pogrindžio laikraštį „Nepriklausoma Lietuva“. Vokiečių okupacinė valdžia sušaudė Praną Gluodą, o M. Mackevičių išvežė į Stutthofo koncentracijos stovyklą.

Karui pasibaigus, 1946 m. vasario 10-11 d. Hanau tremtinių stovykloje įvyko pirmasis VL suvažiavimas, kuriame dalyvavo 50 narių. Išrinktas naujas Centro komitetas, kurio pirmininku tapo Bronius Bieliukas. Nariai - J. Audėnas, J. Pajaujis, A. Valuckas, L. Šmulkštys, J. Bertašius, J. Kardelis, J. Kriščiūnas, J.Daugėla. 1947 m. kovo 22-23 d. Ausgsburge įvyko II VL suvažiavimas, kuriame dalyvavo 94 nariai. 1948 m. gegužės. 8-9 d. įvyko III VL suvažiavimas Vokietijoje Felbache. Dalyvavo 86 asmenys. Prasidėjus platesnei diskusijai, daugelis VL narių emigravo į JAV ir Kanadą. Abiejų kraštų suvažiavimai vyko 1954 m. rugsėjo mėn. Klivlende, 1962 m. Kanadoje, Mt. Bridges mieste, o 1963 m. spalį – Niujorke. VL Sąjungos pirmininko pareigas tuo metu užėmė J. Kriščiūnas, vėliau - B. Bieliukas, M. Mackevičius, J. Audėnas, J. Pajaujis, nuo 1963 m. - J. Daugėla.

 

Emigracijoje buvo leidžiamas VL laikraštis „Lietuvių kelias“, nuo 1953 VL leido mėnesinį ir dvimėnesinį žurnalą „Sėja“ bei neperiodinį „Varpą“, leidžiamą Vokietijoje.