1989 - 1990 m. atkurtos visos pagrindinės partijos, veikusios tarpukario Lietuvoje iki jų uždraudimo: Lietuvos demokratų ir Lietuvos krikščionių demokratų partijos, taip pat Lietuvių tautininkų sąjunga, Lietuvos socialdemokratų partija ir Lietuvos valstiečių sąjunga (1990 m. rugpjūčio 18 d.), kuri buvo įregistruota Lietuvos Respublikos Teisingumo ministerijoje.

epriklausomoje Lietuvoje Valstiečių sąjunga buvo atkurta 1990 m. spalio 10 d.. Sąjungos pirmininku išrinktas prof. Petras Biečius. Atkurta Lietuvos valstiečių sąjunga perėmė svarbiausius buvusios savo pirmtakės tikslus ir tradicijas, pritaikydama jas tuometinėms sąlygoms.

1992 m. Seimo rinkimai nebuvo sėkmingi Lietuvos valstiečių sąjungai, nors ji neliko be savo atstovo LR Seime. Juo tapo rinkimuose kaip nepriklausomas kandidatas dalyvavęs Albinas Vaižmužis, laimėjęs Seimo nario mandatą Biržų - Kupiškio apygardoje.

1992 m. Seimo rinkimuose LVS agitavo už kooperatinės sistemos sukūrimą Lietuvos kaime, valstiečių kredito bankų įsteigimą, žemės reformą, socialiai orientuotą valstybės politiką. 1994 m. balandžio 16 d. įvyko II-asis Lietuvos valstiečių partijos suvažiavimas, kuriame buvo patvirtinti nauji partijos įstatai ir programa, o partijos pirmininku išrinktas Albinas Vaižmužis. Lietuvos valstiečių sąjunga buvo pervadinta Lietuvos valstiečių partija (LVP). 1994 m. birželio 23 dieną LVS buvo perregistruota Lietuvos valstiečių partijos pavadinimu.  1998 m. lapkričio 28 d. Vilniuje įvyko III-asis Lietuvos valstiečių partijos suvažiavimas. Naujuoju organizacijos pirmininku išrinktas Seimo narys Ramūnas Karbauskis.

Tolimesnis Lietuvos valstiečių partijos istorijos etapas – Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų sąjunga. Jos nare be LVP buvo Lietuvos moterų partija (vėliau pakeitusi pavadinimą į Naujosios demokratijos partiją). Lietuvos moterų partijos (LMP) steigiamasis suvažiavimas įvyko 1995 m. vasario 25 d., o naujos organizacijos pirmininke buvo išrinkta prof. Kazimiera Prunskienė.

Lietuvos moterų partijos istorinės šaknys neretai siejamos su 1922 m. įkurta Lietuvos moterų asociacija. 1995 m. Lietuvos moterų partijos steigiamojo suvažiavimo metu įkurta savarankiška, savanoriška ir laisvai veikianti politinė organizacija, vienijanti norinčius dalyvauti politinėje veikloje ir spręsti visuomenei aktualias problemas.  Įkurta partija buvo struktūriškai nauja partija Lietuvoje, neturėjusi atitikmens krašto istorijoje. Apie situaciją, kai moterys, savo saviraiškai pasirenkančios politinę partiją, turi pasitenkinti tik antraeiliais vaidmenimis, LMP lyderė K. Prunskienė teigė, kad tokiu būdu „valdžioje dominuojant patriarchaliniam mąstymui, priimami vienpusiški, besikaitaliojantys, nevaisingi sprendimai, nepaisoma, ką jie duoda žmogui, šeimai, visuomenei”. Pagrindinis partijos tikslas ir uždavinys buvo moterų politinės patirties ugdymas bei jų atstovavimas visų lygių valdžios struktūrose, stengiantis sugrąžinti ir stiprinti iš politikos pasitraukusias moralės vertybes. Siekdama išplėsti partijos įtaką visuomenėje ir politikoje 1998 m. Moterų partija pakeitė pavadinimą į Naujoji demokratija / Moterų partija (ND/MP).

2001 m. gruodžio 15 d. Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų suvažiavime buvo pasirašyta Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų jungimosi sutartis. Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų sąjungos (VNDS) pirmininke išrinkta prof. Kazimiera Danutė Prunskienė.

Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų susivienijimas buvo pradėtas po skaudžių Lietuvos valstiečių partijai rezultatų 2000 m. rinkimuose į Seimą. Nors prieš tai 2000 m. kovo 19 d. vykusiuose Savivaldybių tarybų rinkimuose Lietuvos valstiečių partija iš gavo net 209 mandatus,  bet vėliau nepateko į Seimą pagal partijų sąrašus. Susijungiant Naujosios demokratijos ir Lietuvos valstiečių partijoms, buvo siekta užsitikrinti daugiau galimybių būsimuosiuose rinkimuose ir tapti stipria parlamentine partija. Kitaip Valstiečių partija būtų rizikavusi likti tik regionine partija, turinčia įtakos tik rajonų Savivaldybių tarybose.

Partijų susijungimas akivaizdžiai buvo naudingas abiem buvusioms politinėms organizacijoms. Jau 2004 m. Europos parlamento rinkimai įrodė, kad partijų susijungimas pasiteisino – VNDS gavo 7,14 procento balsų  ir vieną mandatą. 2004 m. Seimo rinkimuose VNDS pirmą kartą pateko į Seimą pagal proporcinę rinkimų dalį, o bendrai laimėjo net 10 mandatų ir kartu su Lietuvos lenkų rinkimų akcija sudarė 12 narių VND frakciją parlamente.

Politikos komentatoriai pripažįsta, kad po Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų susijungimo, VNDS “įgijo rimtos politinės jėgos bruožų – gana tvirtą partinę struktūrą ir politinį lyderį (K. D. Prunskienė). Be to, partija sustiprino saviidentifikaciją – tapo aišku, kad tai - socialiai orientuota politinė jėga....“

2004 m. LR prezidento rinkimuose prof. K. D. Prunskienė dalyvavo su programa “Santarvė, teisingumas, gerovė!”, kurioje pabrėžė aktyvaus valstybės vadovo viziją: “Prezidentas turi dirbti kompetentingai, atsakingai ir veržliai, sąžiningai atstovauti visiems mūsų šalies piliečiams bei ginti jų interesus”.

Antrajame 2004 m. LR prezidento rinkimų ture vyko atkakli kova tarp K.D. Prunskienės ir Respublikos Prezidento V. Adamkaus. Už K.D. Prunskienę antrame rinkimų ture balsavo net 651 024 (47, 35 proc.) rinkėjai, o V. Adamkų parėmė 723 891 (52,65 proc.) rinkėjas. Balsų skirtumas tesiekė 72 tūkstančius. 2004 m. LR prezidento rinkimuose VNDS įrodė, kad partija turi populiarų lyderį, galintį varžytis dėl svarbiausių politinių postų šalyje.
 
Minint Valstiečių sąjungos 100 metų jubiliejų 2005 m. gruodžio 10 d., III-asis VNDS suvažiavimas priėmė sprendimą pakeisti tuometinį Sąjungos vardą į istorinį pavadinimą – Lietuvos Valstiečių Liaudininkų Sąjunga (LVLS).

Suvažiavime pabrėžta, kad partija naujuoju pavadinimu toliau įgyvendins VNDS 2001 m. priimtoje programoje numatytus uždavinius ir vykdys įsipareigojimus savo rinkėjams. Lietuvos valstiečių liaudininkų sąjungos pirmininke ketverių metų kadencijai buvo perrinkta Kazimiera Prunskienė.

2007 m. įvykusiuose Lietuvos Savivaldybių tarybų rinkimuose, kuriuose dalyvavo 24 skirtingos partijos ir kurių sąrašuose buvo registruota 13 tūkst. kandidatų, Lietuvos valstiečių liaudininkų sąjunga iškovojo 141 mandatą. Partijos kandidatus parėmė 73467 rinkėjai.

2008 m. Seimo rinkimuose, nepaisant to, kad už LVLS balsavo 46162 rinkėjai, partija neperžengė btinų 5 proc. barjero. Į Seimą pateko trys LVLS iškelti kandidatai vienmandatėse apygardose: Anykščių-Kupiškio - Antanas Baura, Ignalinos-Švenčionių - Konstantinas Ramelis, Šiaulių laimiškojoje išrinkta Rima Baškienė.